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專業(yè)研究所專注于產(chǎn)業(yè)技術(shù)研發(fā)、成果轉(zhuǎn)化、企業(yè)孵化等，建立研發(fā)、孵化和投資的“三位一體”融合機制；對于引進(jìn)團(tuán)隊新建設(shè)的專業(yè)研究所，實行“多方共建、多元投入、混合所有、團(tuán)隊為主”的輕資產(chǎn)運營新模式。研發(fā)收益歸運營公司所有，增值收益按股權(quán)分配。截至目前，江蘇產(chǎn)研院已在先進(jìn)材料、能源環(huán)保、信息技術(shù)、制造裝備、生物醫(yī)藥等五大領(lǐng)域布局建設(shè)了80余家專業(yè)研究所，擁有各類研發(fā)人員超過10000人。

多家由高校院所舉辦的事業(yè)法人專業(yè)研究所按新模式主動改制，充分激發(fā)創(chuàng)新活力，有效調(diào)動科研人員積極性；針對以高校院所研究人員為核心團(tuán)隊組建的專業(yè)研究所，實施兼顧高水平創(chuàng)新研究與高效率技術(shù)開發(fā)轉(zhuǎn)移人員聘用管理的“一所兩制”∶有高校運行機制下的研究人員開展高水平創(chuàng)新研究，亦有獨立法人實體聘用的研究人員專職從事二次開發(fā)和技術(shù)轉(zhuǎn)移。

對于專業(yè)研究所不按傳統(tǒng)的人員編制和項目方式支持經(jīng)費，而是實施“合同科研”的績效考評，重點考核每個專業(yè)研究所向企業(yè)市場化提供技術(shù)的績效（包括技術(shù)轉(zhuǎn)移、技術(shù)投資和技術(shù)服務(wù)等）來決定財政經(jīng)費的支持額度，專業(yè)研究所技術(shù)研發(fā)的市場導(dǎo)向明顯增強。